Việc thống kê nguồn thải chưa đầy đủ được lý giải là do thiếu kinh phí, nhân lực và cơ sở dữ liệu nguồn thải không thống nhất giữa các cơ quan quản lý, thiếu sự chia sẻ dẫn đến công tác quản lý, cập nhật thông tin chưa hiệu quả.

Việc nguồn thải đạt tiêu chí môi trường thấp còn do mức thu phí nước thải công nghiệp thấp. Đặc biệt, biện pháp xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi vi phạm các quy định về nộp phí bảo vệ môi trường chưa đầy đủ nên có nhiều doanh nghiệp không thực hiện kê khai nộp phí, kê khai sai dẫn đến thiếu số tiền phí phải nộp, chậm nộp phí, trốn nộp phí bảo vệ môi trường. Về phía thành phố đầu tư một số nguồn quỹ để hỗ trợ doanh nghiệp cải tạo môi trường sản xuất nhưng chương trình hỗ trợ doanh nghiệp bằng cách cho vay vốn chưa được triển khai một cách hiệu quả.

Để có thể đạt mục tiêu giảm thiểu ô nhiễm môi trường năm 2015, tầm nhìn 2020, Sở TN&MT đã đề xuất một số giải pháp khắc phục. Cụ thể: Tiến hành hỗ trợ bằng cách cho doanh nghiệp vay vốn không lãi suất trong thời gian dài để đầu tư xây dựng công trình xử lý chất thải; điều tra toàn diện và kiểm soát các nguồn thải có lưu lượng nước thải từ 10m3/ngày đêm trở lên; cập nhật dữ liệu nguồn thải lên bản đồ GIS nhằm phục vụ cho công tác quản lý, giám sát thường xuyên các nguồn thải và kiểm soát các nguồn thải có nguy cơ gây ô nhiễm.

Song song việc thống kê sẽ kiểm soát và đề xuất xử lý nghiêm những trường hợp không chấp hành hoặc xử lý không đạt các Quy chuẩn môi trường. Đối với các nguồn thải có lưu lượng nước thải trên 1.000m3/ngày đêm, bắt buộc lắp đặt hệ thống quan trắc tự động từ năm 2015, để kết nối vào hệ thống quan trắc, giám sát kịp thời. Đồng thời, thực hiện tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, xử lý thật nghiêm các trường hợp vi phạm, nhất là có biện pháp xử lý mạnh như niêm phong công đoạn sản xuất gây ô nhiễm, đình chỉ sản xuất, buộc di dời đối với cơ sở tái phạm nhiều lần, gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.